Родился в 1947 году в Граце, Австрия. В 1969 году он окончил Грацскую консерваторию, получив степень магистра, после чего продолжил профессиональное совершенствование в Риме у Франко Феррары и в Вене у профессора Ханса Сваровски. В период с 1972 по 1980 год Нойхольд работал в различных немецких оперных театрах, завершив этот этап своей карьеры в должности первого капельмейстера в Ганновере и Дортмунде.
После успешного участия в крупнейших международных дирижёрских конкурсах — во Флоренции и Сан-Ремо (первые премии, 1976), Вене (вторая премия конкурса имени Сваровски, 1977), Зальцбурге (первая премия конкурса имени Карла Бёма, 1977) и Милане (третья премия конкурса имени Гвидо Кантелли, 1977) — он начал активную международную карьеру.
С 1981 по 1986 год Гюнтер Нойхольд занимал должность музыкального директора Театро Реджо в Парме, где уделял особое внимание операм Джузеппе Верди, а также был главным дирижёром Симфонического оркестра «Артуро Тосканини». В 1986–1990 годах он стал главным дирижёром и музыкальным директором Королевского филармонического оркестра Фландрии в Антверпене, который под его руководством приобрёл международную известность и гастролировал в Германии, Италии, Великобритании и Франции.
В 1989–1995 годах Нойхольд работал генеральным музыкальным директором Баденского государственного театра в Карлсруэ, где осуществил масштабный цикл произведений Рихарда Штрауса и полное исполнение тетралогии Рихарда Вагнера «Кольцо нибелунга». С 1995 по 2002 год он был генеральным музыкальным и художественным директором Театра Свободного ганзейского города Бремена. В 2008–2014 годах занимал пост главного дирижёра и музыкального директора Симфонического оркестра Бильбао, а в сезоне 2022–2023 годов — главного дирижёра и художественного директора Симфонического оркестра Кипра.
Наряду с постоянными ангажементами Гюнтер Нойхольд выступал с ведущими симфоническими коллективами мира, среди которых Венский филармонический оркестр, Венский симфонический оркестр, Саксонская государственная капелла Дрездена, лондонский Philharmonia Orchestra, Национальный оркестр Франции, оркестры Западногерманского, Северогерманского и Среднегерманского радио, Радио-симфонический оркестр Берлина, Гюрцених-оркестр Кёльна, Венгерский национальный филармонический оркестр, оркестры Австрийского и Итальянского радио и телевидения, Национальный симфонический оркестр Итальянского радио в Турине, оркестр фестиваля «Маджо Музикале Фьорентино», оркестр театра «Ла Фениче» в Венеции, Симфонический оркестр BBC Уэльс, Национальный оркестр Капитолия Тулузы, Национальный оркестр Бордо–Аквитания, филармонические оркестры Ниццы и Монте-Карло, Национальный симфонический оркестр Испанского радио и телевидения в Мадриде, Королевский симфонический оркестр Севильи, оркестры Барселоны, Мадрида, Бильбао, Сан-
Себастьяна, Тенерифе, Гран-Канарии и Гранады, оркестр Фонда Гюльбенкяна в Лиссабоне, Симфонический оркестр Мальмё, Сингапурский симфонический оркестр, национальные оркестры Катара, Малайзии и Китая, ведущие симфонические оркестры Южной Кореи и Японии, Национальный симфонический оркестр Аргентины, Филармонический оркестр театра Колон в Буэнос-Айресе, симфонические оркестры Бразилии и Мексики, Радио-телевизионный симфонический оркестр имени П. И. Чайковского в Москве, Национальный филармонический оркестр Армении ,оркестры Канады, Австралии и Новой Зеландии.
В области оперы он дирижировал в крупнейших театрах Европы, Америки и Азии, включая Венскую государственную оперу, театр «Ла Скала» в Милане, Оперный театр Цюриха, Государственную оперу Дрездена, Национальный театр Мюнхена, Государственную и Немецкую оперы Берлина, Комише Опер Берлин, театры Лейпцига и Будапешта, Театр Реал в Мадриде, Оперы Монте-Карло и Парижа, театр Шатле, театр Колон в Буэнос-Айресе, Большой театр Женевы, оперные театры Бордо, Тулузы, Страсбурга, Осло, Гётеборга, Лиссабона, Рима, Болоньи, Венеции, Генуи, Палермо, Катании, Филадельфии и Токио, а также на многочисленных гастролях в США, Японии и России.
Гюнтер Нойхольд принимал участие в крупнейших международных музыкальных фестивалях, включая Зальцбургский фестиваль, Фестиваль Радио Франции в Монпелье, Фламандский фестиваль, Венецианскую биеннале, Брукнеровский фестиваль в Санкт-Флориане, фестиваль имени Джордже Энеску в Бухаресте, Международный фестиваль Рихарда Штрауса в Дрездене, фестивали в Колорадо, Гранаде и Сантандере, Musika-Música в Бильбао и фестиваль MARU в Пусане. В 1985 году он дирижировал «Missa solemnis» Людвига ван Бетховена в Ватикане в рамках телевизионной трансляции Евровидения.
Наряду с концертной деятельностью Нойхольд регулярно проводит мастер-классы и работает председателем и членом жюри многочисленных международных дирижёрских конкурсов. Его обширная дискография включает симфонические и оперные произведения Иоганна Себастьяна Баха, Белы Бартока, Альбана Берга, Гектора Берлиоза, Иоганнеса Брамса, Антона Брукнера, Сезара Франка, Золтана Кодая, Ференца Листа, Франца Шрекера, Густава Малера, Генриха Маршнера, Джакомо Пуччини, Вольфганга Рима, Альфреда Шнитке, Арнольда Шёнберга, Эрвина Шульхоффа, Иоганна и Йозефа Штраусов, Игоря Стравинского, Петра Ильича Чайковского, Джузеппе Верди, Рихарда Вагнера и Эрманно Вольф-Феррари.